L'Acte d'Union, signé avec l'Angleterre en 1707, ne fut jamais vraiment accepté par les classes populaires écossaises. Afin de contrôler au maximum les régions insoumises d'Ecosse, des garnisons furent installées un peu partout (Fort William, Fort Augustus et Fort George). Mais la révolte grondait cependant : en 1745, Charles-Edouard Stuart, dit Bonnie Prince Charlie, débarqua dans l'ouest de l'Ecosse et rassembla une armée composée de différents clans de Highlanders. Cette armée hétéroclite marcha vers Edimbourg et s'installa dans le palais de Holyroodhouse. Elle remporta par la suite plusieurs victoires en Ecosse et en Angleterre, mais les ennemis se faisaient toujours plus nombreux, notamment à Glasgow et dans le sud-ouest. Le 16 avril 1746, Bonnie Prince Charlie fut contraint de remonter avec ses troupes dans le nord de l'Ecosse. Poursuivi par l'armée du Duc de Cumberland, il décida de livrer bataille à Culloden, près d'Inverness. Sur ce terrain plat composé de tourbe, ses hommes n'opposèrent qu'une faible résistance aux pièces d'artillerie anglaises. Cette bataille fut la dernière livrée sur le sol britannique. Par la suite, une répression sanglante fut menée par le Duc de Cumberland, ce qui lui valu le surnom de "boucher". Mis en fuite, Bonnie Prince Charlie échappa à ses poursuivants à travers la lande. Déguisé en servante, il trouva refuge sur l'île de Skye auprès de Flora MacDonald. Cette escapade est aujourd'hui encore considérée comme l'une des plus belles romances écossaises. Il prit ensuite le chemin de l'exil à bord d'un bateau corsaire français qui l'emmena en France, puis en Italie. Il ne revint jamais sur ses terres d'Ecosse, qui faisaient désormais partie intégrante du Royaume Britannique.