Le XVII siècle ne fut pas plus calme, avec notamment la fuite du roi Charles II après sa défaite à Dunbar contre les troupes d'Oliver Cromwell. Le protestant Guillaume d'Orange vint au pouvoir en 1688 avec la ferme intention de faire jurer fidélité à tous les chefs de clan. Celui du clan MacDonald ne pût le faire que quelques jours après la date limite. Guillaume d'Orange n'apprécia que très peu le retard et décida de faire un exemple pour asseoir son autorité. Il envoya le Clan Campbell dans la vallée de Glencoe. Celui-ci passa l'ensemble du Clan MacDonald par les armes en pleine nuit (1692). Ce massacre est aujourd'hui encore considéré comme l'un des événements les plus tragiques de l'histoire écossaise. Guillaume d'Orange fut au pouvoir jusqu'en 1702, remplacé par la reine Anne, puis par Sophie de Hanovre. Avec cette nouvelle dynastie vint également l'Acte d'Union (1707), premier pas vers l'empire britannique. L'Ecosse perdait alors son indépendance politique, mais conservait un certain pouvoir de décision sur le plan religieux et éducatif.